尽管台湾各界对“三通”呼声强烈，甚至企业自发请愿，但台湾“陆委会”仍在强调“三通”后的负面影响。“陆委会”报告称，三通以后，短期内可能对台湾经济造成冲击，例如内地廉价农工产品可能大量涌入台湾并取代本地产品，尤其台商若利用内地生产再回销台湾，可能使冲击扩大并造成可观的失业。从长期看，三通将造成台湾农业发展及整体经济结构的根本变化，全面加速两岸经济结合的深度及广度，但如果不是有计划、有秩序的推动，将会有可能的负面影响。此外，中国内地经济规模及实力在逐步扩大，三通后，更容易导致台湾产业的加速外移及经济的边陲化。与此同时，报告还免不了重提“国家安全”问题的老调。对此，不少台湾人表示，当局不应把三通视为选举筹码，一再口头开出支票，却永无兑现日期。