新架构将现有的三司十六个政策局，重整为三司十一局，并把现有多个政策局合并重组。
曾荫权在立法会出席问责制动议辩论时指出，对于问责制下有关于决策局重组的安排，立法会小组委员会的部分委员有不同的意见。委员认为政策范畴的分配并不平均﹕有些决策局所管辖的范畴实在过多（例如环境及卫生福利局），负责的局长未必能够应付﹔相反，有些决策局却只负责一个政策范畴（如政制事务局）。在政策范畴的重组和合并方面，部分议员对政府建议将环境食物局与卫生福利局合并，以及将人力资源政策范畴与工商政策范畴合并所持的意见比较强烈。
政府慎重考虑过议员的观点后，采纳了部分建议，将原来的安排作出了一些修订。首先，政府会修订原先将环境食物局及卫生福利局合并的安排，改为环境食物局有关环境保护和污染管制的范畴与运输及工务范畴合并，由环境运输及工务局局长掌管。
曾荫权解释，作出这个安排，主要考虑两个原因﹕第一，道路网和铁路网的建设，经常要征用大量绿化土地，容易对环境及生态造成影响，由同一局长负责，可平衡两方面的需要﹔第二，保护环境和管制污染是政府的重要政策之一，当中尤以管制污染问题最为迫切。为配合这方面的政策，政府必须严格管制车辆放出的废气，鼓励公共车辆使用环保燃料，以及制定完善的铁路网。由同一个局长制订这两方面的政策，可有助协调的作用。
至于有关食物安全和环境卫生的范畴，将维持与卫生福利范畴合并，由卫生福利及食物局局长负责，因为食物安全和环境卫生与医疗卫生服务关系相当密切，由同一个局长负责，可促进紧密政策的协调。
另一项修订是有关劳工政策范畴的安排。有部分议员反对将人力资源的政策范畴与工商政策范畴合并，他们担心劳工政策会受到忽视。
曾荫权称，政府理解议员的疑虑，经过仔细的考虑后，对原先的安排作出修订。首先撤销原先将人力资源政策范畴与工商政策范畴合并的安排。另一方面为突显政府对劳工政策的重视，政府会将有关劳工政策范畴与经济发展范畴合并，由经济发展及劳工局局长负责。至于有关人力资源需求评估、职能培训及再培训的政策，仍然继续由教育统筹局局长负责。
曾荫权说，有关安排是基于以下的考虑﹕第一，掌管经济发展范畴局长的职责，除负责能源政策外，是要确保香港有良好的经济基础建设，这样才能维持香港作为主要的国际及区域性的航空、海事与物流及旅游业中心的地位。在发展香港的经济基础建设以提升香港竞争力的同时，政府亦必须妥善处理劳工问题，因为良好的劳工政策与完善的经济基础建设同样是促进香港经济发展的重要元素。第二，香港重点发展旅游业及物流业，将为劳工市场提供大量的就业机会。负责的局长可在制定有关发展旅游业及物流业务政策的同时，配合劳工政策，相得益彰。
至于信息科技范畴则会与工商范畴合并，因为工商业的发展，必须得到信息科技的配合﹔同时，信息科技政策与本地工业和商业的发展亦有紧密的关连，故由同一位局长负责，可促进紧密的协调。
政府作出修订后，决策局的数目依然不变，由十一位局长掌管。