在具体操作中，为维护已办理指定交易的投资者利益，证券营业部将照以下程序办理投资者因证券帐户灭失或其它可能导致其它证券持有人权益受到侵害原因而提出的证券帐户挂失申请：
1、 认真审查投资者的本人身份证（如身份证同时遗失，须提供户籍管辖的公安派出所出具的身份证遗失证明，并贴本人近期证件照盖公章）；
2、 证券帐户所有的证券予以冻结；
3、 在投资者提供由上海证券中央登记结算公司代理机构开出相同证券帐户登记资料的新证券帐户后，为其办理相应的证券转户手续；
4、 证券营业部在受理投资者转户并登记其证券明细帐后，于当日闭市前将变更情况传送上证中央登记结算公司用于变更登记；
5、 证券营业部可办理投资者撤销挂失申请，但已办理证券转户手续的证券帐户不能撤销挂失；
6、 证券营业部在受理投资者证券帐户挂失的证券帐户，上证中央登记结算公司将把挂失帐户内的全部证券权益一次变更登记到转入方的帐户。
值得一提的是，推行全面指定交易后，对因种种原因没有办理指定的投资者，其证券帐户的查询和挂失仍按上证中央登记结算公司原有规定由当地证券登记机构负责受理。投资者办理挂失后，可到上证中央登记结算公司指定代理开户机构重新办理新的证券帐户，并持重新领取的证券帐户和证券挂失申请书向当地证券登记机构申请办理证券转户。不过，挂失补办的新证券帐户要想用来进行新的交易，则仍然必须办理指定交易。